Az ELTE Márton Áron Szakkollégiumában folyó szakmai munka legfőbb vezetője az Egyetem Rektora, akit a mindennapi működés ellenőrzésében a karoktól független szervezeti egységek munkáját koordináló Rektori Koordinációs Központ központvezetője képvisel.

A szakmai igazgató elsődleges feladata a Szakkollégium oktató-nevelő munkájának irányítása és értékelése, a Szakkollégium fejlesztési tervének kidolgozása, szakmai keretmegállapodások megkötése, a felvételi folyamat irányítása.

A Szakkollégium vezető tisztségviselője a Kurátor. A Kurátort a tudományos és társadalmi élet köztiszteletben álló személyiségei közül az Egyetem rektora nevezi ki, abból a célból, hogy tekintélyével és tapasztalatával segítse a Szakkollégiumot a kitűzött célok elérésében.

A háromtagú Kuratórium véleményt nyilvánít és állást foglal a Szakkollégium életét és tanulmányi rendjét, illetve kapcsolatrendszerét érintő fontosabb kérdésekben, véleményezi a Szakkollégium fejlesztési tervét, véleményezi a Szakkollégium műhelyvezetőinek kinevezését, megbízását, felmentését.

A Szakkollégiumban az oktatói, tudományos és kutatómunka a szakmai műhelyekben folyik. Műhelynek nevezzük egy nagyobb képzési területen és az annak körébe sorolt szakterületeken tanulmányokat folytató szakkollégista tagok és oktatóik közösségét. A műhely élén a műhelyvezető áll, aki irányítja a tudományterületéhez tartozó szakmai közösséget, ellenőrzi és felügyeli a szakkollégisták munkáját, gondoskodik annak formai kereteiről, valamint tartja a kapcsolatot a műhely szakmai tevékenységi köréhez tartozó oktatókkal. A műhelyvezetők és az igazgató alkotják a Szakkollégium Tanári Karát. A Tanári Kar félévente meghallgatja a műhelyvezetők beszámolóját és értékeli a tanulmányi munkát, javaslatot tesz a felveendő hallgatók személyére és a Tanulmányi Szabályzat követelményeit nem teljesítő szakkollégisták tagságának megszüntetésére.

Minden műhely saját tagságából hallgatói érdekképviselőt, szakkollégiumi terminológiával műhelytitkárt választ. A kilenc műhelytitkár alkotja a Szakkollégium Hallgatói Önkormányzatát, más néven a Műhelytitkári fórumot.

A műhely félévente legalább egyszer műhelygyűlést tart, ahol a tagság beszámol az elvégzett munkáról, javaslatot tesz a szakórákra, a tanrendre és általában a féléves programra.

A Szakkollégium adminisztratív teendőinek ellátásában részmunkaidős ügyvivő szakértő közreműködik.

Az ELTE Márton Áron Szakkollégium tisztségviselői:

Dr. Mészáros Tamás szakmai igazgató 
szakmai önéletrajz | fénykép

Dr. Horváth László kurátor 
szakmai önéletrajz | fénykép